Bằng mắt thường bạn rất khó để nhìn thấy các loại vi sinh vật, hay bạn không thể đong đếm chúng, nhận biết chúng có đang khỏe mạnh hay không. Bạn chỉ có thể dựa vào việc đo nồng độ NH3 (ammonia), NO2 (nitrite) và NO3 (nitrate) để đảm bảo rằng bộ lọc vi sinh đang hoạt động bình thường hay không.
Khi bạn bắt đầu đưa vật nuôi vào bể, thông thường trong 10 ngày đầu nồng độ NH3 đo được sẽ tăng, lúc này vi khuẩn nitrosomonas đang thực hiện phần việc của nó. Tiếp đó, khi kiểm tra nồng độ bạn sẽ thấy NH3 bắt đầu giảm và NO2 đang tăng dần lên.

Trong 10 ngày tiếp theo, hoặc có thể hơn, nồng độ nitrate sẽ tăng, nitrite bắt đầu giảm xuống, vì lúc này vi khuẩn nitrobaster đã thực hiện công việc của mình.

Sau 20 đến 30 ngày (kể từ ngày thả vật nuôi), hệ thống lọc vi sinh của bạn sẽ bắt đầu ổn định và quá trình nitrat hóa sẽ tiếp tục một cách tự nhiên.